Choisir un logiciel de facturation en 2025 n’est plus une simple question de « faire des factures ». Entre la réforme de la facturation électronique, l’automatisation des encaissements, les intégrations bancaires et la collaboration avec l’expert-comptable, l’outil devient un pivot de votre gestion. Voici un comparatif créatif et neutre, pensé pour vous aider à aller à l’essentiel sans perdre de vue l’avenir.
Panorama 2025 en un clin d’œil
Le marché 2025 se scinde en quatre familles : les généralistes cloud (ex. QuickBooks, Sage, Zoho Books), les « FR-first » centrés TPE/PME (Pennylane, Sellsy, Axonaut, Evoliz, Henrri), les solutions de secteurs (BTP avec Obat, Tolteck, Batappli, ProGBat), et les plateformes d’abonnement/paiement (Stripe Billing, Chargebee, Recurly). À cela s’ajoutent des alternatives open source (Dolibarr, Odoo, Invoice Ninja) qui séduisent par leur modularité. En 2025, la question clé devient : votre outil est-il prêt à se connecter à l’écosystème de facturation électronique (calendrier France 2026‑2027, sous réserve d’arbitrages officiels) ?
Les 40 outils évalués
Nous avons retenu 40 solutions couvrant besoins et budgets variés, de l’indépendant à la PME multi-sites. Cette diversité permet de comparer l’essentiel : simplicité, conformité, intégrations, coût total et évolutivité.
- QuickBooks Online, Xero, Sage Business Cloud Compta, EBP Gestion Commerciale, Cegid Devis‑Factures
- Sellsy, Axonaut, Pennylane, Indy, Tiime
- Henrri, Facture.net, Evoliz, Sinao, Zervant
- Dolibarr, Odoo, ERPNext, Invoice Ninja, Crater, Akaunting
- Stripe Invoicing, Stripe Billing, PayPal Invoicing, Square Invoices
- Zoho Invoice, Zoho Books, FreshBooks
- Chargebee, Recurly, Paddle, Upflow, Zoho Subscriptions
- SumUp Factures, Obat, Tolteck, Batappli, ProGBat, MyAE, Freebe, Factomos
PME/TPE : les polyvalents qui rassurent
Pour une PME qui veut tout centraliser, QuickBooks Online, Sage Business Cloud Compta et Zoho Books offrent un socle robuste : factures, devis, paiements en ligne, rapprochement bancaire, exports comptables. La différence se joue sur l’écosystème (apps et intégrations), la collaboration avec l’expert-comptable et la prise en main. Sage rassure côté fiscalité FR, QuickBooks séduit par son UX et l’open‑banking, Zoho brille par l’automatisation à coût modéré.
Indépendants et micro-entreprises : simplicité et coût
Les indépendants privilégient un flux rapide « devis → facture → paiement » avec rappels automatiques. Indy et Tiime s’illustrent par leur orientation freelance/comptable, Freebe par ses automatismes URSSAF et MyAE par son ultra‑simplicité. Henrri et Facture.net proposent un excellent point d’entrée gratuit, tandis que Sinao et Zervant gardent un cap minimaliste clair. L’objectif : rester en règle et être payé vite, sans usines à gaz.
Métiers du BTP : devis, ouvrages et suivi de chantiers
Le BTP exige des bibliothèques d’ouvrages, des avenants clairs, des situations et des factures d’acompte. Obat et Tolteck sont appréciés pour la gestion des ouvrages et la qualité du devis, Batappli pour sa profondeur fonctionnelle, ProGBat pour sa sobriété. Sage Batigest existe aussi mais n’est pas dans notre sélection de 40. Ici, la connexion à la facturation électronique et les exports comptables vers l’expert sont de vrais plus.
SaaS et récurrence : abos sans friction
Pour le SaaS, la gestion des abonnements, taxes internationales et scénarios d’échec de paiement est clé. Stripe Billing, Chargebee, Recurly et Paddle industrialisent la récurrence (prorata, dunning, coupons). Zoho Subscriptions constitue une option intégrée pour les écosystèmes Zoho. Astuce : différenciez « générer une facture » et « orchestrer un abonnement » ; les seconds évitent la dette technique quand vous grandissez.
Open source et self‑hosted : liberté et responsabilité
Dolibarr, Odoo, ERPNext, Invoice Ninja, Crater et Akaunting offrent maîtrise des données et personnalisation. Avantages : coût logiciel faible, modélisation sur mesure. En contrepartie : hébergement, sécurité, mises à jour et conformité à piloter. Idéal si vous avez des ressources techniques, ou via intégrateurs. Vérifiez la feuille de route e‑invoicing et les connecteurs PDP/PPF via modules.
Automatisation et recouvrement : le cash d’abord
La réduction du DSO devient un KPI prioritaire. Upflow se spécialise dans le recouvrement et les relances intelligentes, tandis que Stripe Invoicing/PayPal Invoicing/Square Invoices fluidifient l’encaissement par lien de paiement et terminal. Idée clé : activer les paiements en un clic et les relances multi‑canaux dès le jour 1. Vos factures sont bonnes si elles se transforment en cash rapidement.
Expérience utilisateur et mobilité
Sur le terrain, la saisie mobile, les devis signables en ligne et les paiements instantanés changent tout. Les « FR-first » comme Sellsy, Axonaut, Evoliz ou Pennylane misent sur la clarté, les signatures, l’open‑banking et l’intégration comptable. Pour des équipes commerciales, la relation CRM → devis → facture doit être sans couture. Testez sur smartphone : si tout se fait en 2‑3 gestes, vous tenez un bon candidat.
Conformité et e‑invoicing : où en est-on ?
La France déploie la facturation électronique B2B domestique entre 2026 et 2027 (calendrier à suivre). Beaucoup d’acteurs annoncent des connecteurs PPF/PDP ou des partenariats. Ne confondez pas « PDF par e‑mail » et e‑facture structurée (UBL/Factur‑X). Vérifiez : formats supportés, archivage probant, identité/TVA, gestion des statuts (émise, déposée, rejetée), et la capacité à s’adapter aux ajustements réglementaires.
Tableau comparatif express
Un aperçu rapide de 14 solutions représentatives. Les prix sont indicatifs « dès » et peuvent varier.
| Outil | Catégorie | Atout clé | Prix de base | E‑invoicing FR |
|---|---|---|---|---|
| QuickBooks Online | Généraliste | UX + bancarisation | ≈ 20€ / mois | Préparation 2026 |
| Sage Business Cloud | Généraliste | Référent fiscal FR | ≈ 25€ / mois | Support prévu |
| Zoho Books | Généraliste | Automations | ≈ 15€ / mois | Connecteurs en cours |
| Pennylane | Facturation + Compta | Trésorerie en temps réel | ≈ 29€ / mois | Écosystème FR |
| Sellsy | CRM + Facturation | Cycle de vente fluide | ≈ 25€ / mois | En préparation |
| Axonaut | PME FR | Simplicité | ≈ 29€ / mois | En préparation |
| Evoliz | TPE FR | Devis→Facture clair | ≈ 12€ / mois | Oui (connecteurs) |
| Henrri | Gratuit | Entrée de gamme | 0€ | À vérifier |
| Facture.net | Gratuit | Simple et propre | 0€ | À vérifier |
| Sinao | TPE | Interface épurée | ≈ 10€ / mois | En cours |
| Xero | International | Multi-devises | ≈ 15€ / mois | À vérifier |
| FreshBooks | Freelance | Temps et projets | ≈ 15€ / mois | À vérifier |
| Zoho Invoice | Gratuit | Factures illimitées | 0€ | En cours |
| Dolibarr | Open source | Modulaire | Gratuit / héberg. | Via modules |
Fonctionnalités, prix, conformité et intégrations : trouvez l’outil adapté à votre activité
Fonctionnalités essentielles à exiger
Un bon outil 2025 couvre le cycle complet : devis signable, facture conforme (numérotation, mentions, TVA), acompte/avoirs, paiement en ligne, relances automatiques, export comptable, mobilité. Bonus utiles : Factur‑X/UBL, portail client, signature, QR‑Pay, catalogues, rôles utilisateurs. Vérifiez aussi la qualité du PDF, des modèles et la traduction si vous facturez à l’international.
Prix et modèles économiques
Les grilles vont du gratuit (Henrri, Zoho Invoice, MyAE) au sur devis (Chargebee, Recurly, Cegid). Regardez le coût total : abonnement, utilisateurs, modules, stockage, frais de paiement. Pour de la récurrence, l’outil peut prendre un pourcentage ; pour des paiements, comptez des frais à la transaction. Un TPE type optimise souvent autour de 10-35 €/mois, une PME processée monte plutôt à 30-90 €/mois selon périmètre.
Conformité France/UE : points de contrôle
Votre check‑list 2025 :
- Mentions légales (TVA, pénalités, escompte, CGV, n° de facture)
- Archivage probant et piste d’audit fiable
- Factur‑X/UBL et préparation au dépôt via PPF/PDP (France 2026‑2027)
- TVA UE (OSS/IOSS), devises et langues
- RGPD, journalisation, gestion des droits
Intégrations bancaires et paiements
Le nerf de la guerre, c’est l’encaissement. Stripe Invoicing/Payments, PayPal, Square, SumUp raccourcissent le délai de paiement. L’open‑banking (agrégation et rapprochement) dans QuickBooks, Pennylane, Sellsy et consorts simplifie la comptabilité. Questionnez : quelles banques ? quels PSP ? quels frais ? et les virements instantanés/SEPA.
Devis, achats, stocks et projets
Selon votre métier, vous aurez besoin de : catalogues (ouvrages BTP chez Obat/Tolteck), achats et fournisseurs (Evoliz, Pennylane), stocks (Odoo, ERPNext, Zoho Books), projets/temps (FreshBooks, Sellsy). Un flux « de la demande au cash » bien aligné évite les ressaisies et les erreurs.
Abonnements, dunning et international
Pour l’abonnement, privilégiez Stripe Billing, Chargebee, Recurly ou Zoho Subscriptions : remises, paliers, prorata, relances d’échec (dunning), essais, coupons. À l’international, regardez TVA, devises, fiscalité locale ; des acteurs comme Paddle (merchant of record) externalisent la complexité fiscale en contrepartie d’un pourcentage.
Sécurité, hébergement et gouvernance
Demandez le chiffrement au repos/en transit, la journalisation, les rôles, la récupération (export complet) et la réversibilité. En open source (Dolibarr, Odoo, ERPNext, Invoice Ninja, Crater, Akaunting), anticipez mises à jour, sauvegardes et conformité. En SaaS, examinez la localisation des données et les certifications (ISO 27001, etc.).
Scénarios de choix rapides
Quelques raccourcis utiles :
- Freelance : Freebe, Indy, Tiime, Henrri, Zoho Invoice
- TPE services : Evoliz, Sellsy, Axonaut, Sinao, Factomos
- BTP : Obat, Tolteck, ProGBat, Batappli
- PME multi‑équipes : QuickBooks, Sage Business Cloud, Zoho Books, Pennylane
- SaaS/abonnements : Stripe Billing, Chargebee, Recurly, Paddle, Zoho Subscriptions
- Open source : Dolibarr, Odoo, ERPNext, Invoice Ninja
Tableau de sélection complémentaire
Deuxième passe sur 24 solutions, axée « usage type ». Statuts e‑invoicing à confirmer auprès des éditeurs au fil du calendrier officiel.
| Outil | Usage type | Forces | Prix de base | E‑invoicing FR |
|---|---|---|---|---|
| Odoo | ERP modulaire | Du devis au stock | Communautaire | Via partenaires |
| ERPNext | ERP open source | Large périmètre | Gratuit / héberg. | Via modules |
| Invoice Ninja | Indé tech | Self‑hosted facile | 0€ / SaaS ≈10€ | Via modules |
| Crater | Self‑hosted simple | UI moderne | Gratuit | Via modules |
| Akaunting | Compta + factures | Place de marché | Gratuit | Via modules |
| Stripe Invoicing | Encaissement | Payez en 1 clic | 0€ + frais | N/A (connecteurs) |
| Stripe Billing | Abonnements | Dunning avancé | 0€ + frais | N/A (connecteurs) |
| PayPal Invoicing | Facture rapide | Ubiquité | 0€ + frais | N/A |
| Square Invoices | Terrain/PDV | Mobile + TPE | 0€ + frais | N/A |
| Chargebee | SaaS récurrence | Tarifs complexes | Sur devis | Connecteurs possibles |
| Recurly | SaaS scale | Expérience prouvée | Sur devis | Connecteurs |
| Paddle | MoR global | TVA externalisée | % ventes | N/A (MoR) |
| Upflow | Recouvrement | Relances smart | Sur devis | Intégrations |
| SumUp Factures | TPE mobilité | Lecteur + facture | 0€ + frais | À vérifier |
| Obat | BTP | Ouvrages, chantiers | ≈ 24€ | En cours |
| Tolteck | BTP | Biblio métiers | ≈ 25€ | En cours |
| Batappli | BTP | Profondeur | ≈ 39€ | En cours |
| ProGBat | BTP | Simplicité | ≈ 19€ | En cours |
| MyAE | Auto‑entreprise | Ultra simple | 0€ / Pro ≈3€ | À vérifier |
| Freebe | Freelance | URSSAF-friendly | ≈ 12€ | En cours |
| Factomos | TPE services | Exports compta | ≈ 15€ | En cours |
| Cegid Devis‑Factures | PME | Réseau experts | Sur devis | Oui (écosystème) |
| EBP Gestion Co | PME FR | Référent local | ≈ 25€ | Oui |
| Zoho Subscriptions | Abonnements | Intégré à Zoho | ≈ 19€ | En cours |
Plan d’évaluation et déploiement
Procédez en 6 étapes :
1) cadrer besoins et contraintes (TVA, BTP, abonnements, multi‑pays) ;
2) présélection de 3 outils maximum ;
3) tester avec vos modèles (devis, avoirs, acomptes) et un flux d’encaissement réel ;
4) vérifier exports comptables et droits utilisateurs ;
5) simuler la facturation électronique (gabarits Factur‑X/UBL, statut, archivage) ;
6) planifier formation, relances, et migration des historiques.
Derniers conseils pratiques
Favorisez une solution qui vous fait gagner 1 heure par semaine : modèles, automations, paiements rapides. Évitez les verrous (formats fermés, absence d’export). Anticipez le calendrier e‑invoicing en activant dès maintenant le Factur‑X et les connecteurs. Enfin, gardez un œil sur l’écosystème : votre futur CRM, votre banque et votre expert‑comptable doivent « parler » à votre outil.
Conclusion : En 2025, le meilleur logiciel de facturation est celui qui encaisse vite, reste conforme demain et s’intègre au reste de votre stack. Que vous soyez freelance, artisan, PME industrielle ou SaaS, partez de vos flux réels, testez sur un mois, validez les intégrations et le parcours d’encaissement. Le bon choix se repère au silence : moins de relances manuelles, moins d’erreurs, plus de trésorerie.
En 2025, le marché des logiciels de facturation en France reste dynamique, avec des solutions adaptées aux freelances, TPE, PME et grands groupes. Voici une synthèse des 40 logiciels les plus marquants cette année, classés par catégories clés pour vous aider à comparer efficacement. Je me concentre sur les critères qui font la différence en 2025 : automatisation IA, conformité RGPD/loi antifraude, intégrations, et tarifs.
Top 5 pour les Freelances & Micro-entreprises
| Logiciel | Points forts 2025 | Tarif (à partir de) | Note/5 |
|---|---|---|---|
| QuickBooks Solo | IA pour suggestions de dépenses, sync bancaire temps réel | 12€/mois | 4.8 |
| Zervant | Gratuit jusqu’à 5 factures/mois, modèle freemium étendu | 0€ (premium 9€) | 4.5 |
| Facture.net | 100% conforme loi antifraude 2025, templates personnalisables | 8€/mois | 4.7 |
| Pennylane | Intégration directe avec 30+ banques françaises, détection auto des TVA | 15€/mois | 4.9 |
| Indy | Tout-en-un (factures + contrats + paiements), design ultra-simple | 10€/mois | 4.6 |
Meilleure Automatisation (IA & Workflows)
| Logiciel | Fonctionnalité IA phare | Tarif (à partir de) |
|---|---|---|
| Dext | Extraction auto des données (factures fournisseurs → compta) | 20€/mois |
| Holded | Prévision de trésorerie via IA, rappels auto impayés | 25€/mois |
| Sage Accounting | Détection des anomalies fiscales (RGPD/antifraude) | 30€/mois |
| Qonto | Cartes virtuelles + catégorisation auto des dépenses | 9€/mois (offre solo) |
